Niekdajší reprezentačný obranca odštartoval profesionálnu kariéru v roku 1996 v Humennom. O tri roky neskôr zamieril do Interu Bratislava (1999 - 2004), s ktorým získal dva majstrovské tituly a dvakrát vyhral Slovenský pohár. Po pôsobení v Žiline (2004 - 2005) prestúpil do Artmedie Petržalka, s ktorou vybojoval v sezóne 2007/2008 domáci titul. Následne si prvýkrát vyskúšal zahraničné angažmán, v rokoch 2008 - 2011 hral za rumunský klub Politehnica Temešvár. Od roku 2011 obliekal dres Plzne. S Viktoriou dvakrát získal majstrovskú trofej a zahral si aj Ligu majstrov.

V slovenskom národnom tíme zaznamenal 15 štartov, v roku 2000 sa predstavil na OH v Sydney, o účasť na MS 2010 v JAR ho pripravilo zranenie.

V roku 2014 mu diagnostikovali ALS. Lekári odhalili zákernú chorobu po tom, čo Čišovského vyradilo z hry zranené koleno a nedobre sa hojilo. Amyotrofická laterálna skleróza mu ničila bunky centrálnej nervovej sústavy a viedla k strate schopnosti ovládať svalstvo.

V nedeľu ráno (28. 6.) svoj boj s ťažkou chorobou prehral.

Odišiel fantastický človek. Vzor pre všetkých mladých chlapcov v skromnosti a usilovnosti. Nikdy na Teba nezabudneme, Čišo!