Anton Mišovec je od roku diplomovaný tréner a je aj kondičným trénerom.
V minulosti viedol viaceré žiacke a dorastenecké tímy v Českej republike.
Trénoval mládež v Pardubiciach, Slavii Praha aj v Baníku Ostrava.
V rokoch 2005 – 2007 bol asistentom trénera českej reprezentácie v kategóriách U16 a U17.
Neskôr sa stal hlavným koučom prvého tímu Baníka Ostrava a viedol i Slovácko.
V rokoch 2007 - 2008 bol asistentom trénera v A-tíme FC Marila Příbram, ktorý vtedy postúpil do najvyššej českej súťaže.
Na Slovensku viedol juniorku FK Dukla Banská Bystrica.
Od roku 2013 bol šéfom lavičky ženského tímu SK Slavia Praha, s ktorým získal double a v roku 2014 sa stal aj trénerom roka v kategórii ženský futbal.
Tím v najvyššej českej ani slovenskej súťaži ale doposiaľ neviedol.