Severná skupina
- HJK Helsinki (Fín.) - Drogheda United (Ír.)
- Bröndby IF (Dán.) - Valur Reykjavík (Isl.)
- Gefle (Švéd.) - FC Llanelli (Wales)
- AS Jeunesse Esch (Lux.) - Skonto Riga (Lot.)
- Etzella Ettelbrück (Lux.) - Atvidabergs (Švéd.)
- FK Ventspils (Lot.) - GÍ Gota (Faer. ostrovy)
- FC Glentoran (Sev. Írsko) - SK Brann Bergen (Nór.)
- FC Randers (Dán.) - ÍA Akranes (Isl.)
- FC Portadown (Sev. Írsko) - FBK Kaunas (Lit.)
- FC Rhyl (Wales) - FK Suduva (Lit.)
- FC Levadia Tallinn (Est.) - FC Haka Valkeakoski (Fín.)
- Skála Ítróttarfelag (Faer. ostrovy) - IK Start (Nór.)
- Lyn Oslo (Nór.) - Flora Tallinn (Est.)
- IFK Göteborg (Švéd.) - Derry City (Ír.)
Juho-mediteranská skupina
- KF Tirana (Alb.) - NK Varteks Varaždín (Chorv.)
- Dinamo Tirana (Alb.) - CSKA Sofia (Bulh.)
- FC Koper (Slovin.) - Litex Loveč (Bulh.)
- FK Sarajevo (Bosna a Herceg.) - FC Ranger´s (Andorra)
- NK Domžale (Slovin.) - NK Orašje (Bosna a Herceg.)
- FC Hibernians (Malta) - Dinamo Bukurešť (Rum.)
- APOEL Limassol (Cyp.) - S.S. Murata (San Maríno)
- HNK Rijeka (Chorv.) - Omonia Nikózia (Cyp.)
- Lokomotiv Sofia (Bulh.) - Makedonija Skopje (Mac.)
- Vardar Skopje (Mac.) - KSV Roeselare (Belg.)
- Rapid Bukurešť (Rum.) - Sliema Wanderers (Mac.)
stredo-východná skupina
- Újpest (Maď.) - FC Vaduz (Licht.)
- Zimbru Kišiňov (Mold.) - FK Karabach (Azerb.)
- Mika Aštarak (Arm.) - Young Boys Bern (Švajč.)
- FC Fehérvár (Maď.) - Kairat Almaty (Kaz.)
- Zaglebie Lubin (Poľ.) - Dinamo Minsk (Biel.)
- Spartak Trnava (Slovenská rep.) - Karvan Jevlach (Azerb.)
- Ameri Tbilisi (Gruz.) - Banants Jerevan (Arm.)
- BATE Borisov (Biel.) - Nistru Otači (Mold.)
- FC Bazilej (Švajč.) - Tobol Kostanaj (Kaz.)
- WIT Georgia Tbilisi (Gruz.) - Artmedia Bratislava (Slovenská rep.)
Program kvalifikačnej fázy futbalového Pohára UEFA 2006/2007:
- 13. júla úvodné zápasy 1. predkola
- 27. júla odvety 1. predkola
