Štyridsať mužstiev rozdelil žreb do ôsmich päťčlenných skupín, v ktorých sa tímy stretnú jednokolovo každý s každým, t. j. jedno mužstvo odohrá dve stretnutia v domácom prostredí a dve na súperovej pôde.
Do 3. kola Pohára UEFA postúpia prvé tri tímy z každej skupiny (spolu 24), ktoré na celkový počet 32 mužstiev doplní osem klubov z tretích miest zo základných skupín Ligy majstrov. Potom sa už bude hrať klasickým vyraďovacím systémom (doma - vonku).
Slovenský futbal budú po vypadnutí klubových zástupcov MFK Ružomberok a Artmedie Bratislava reprezentovať v Pohári UEFA už iba hráči obliekajúci dresy zahraničných mužstiev. V hre ich zostalo ešte desať. Najpočetnejšie zastúpenie majú Slováci v českých kluboch. Štvorica Peter Šinglár, Juraj Ančic, Ivan Hodúr a Daniel Rehák v drese Slovana Liberec sa v C-skupine predstaví proti obhajcovi trofeje španielskemu klubu FC Sevilla, ďalšími tímami do partie sú AZ Alkmaar (Hol.), Grasshoppers Zürich (Švajč.) a Sporting Braga (Portug.). Ďalšie české mužstvo Spartu Praha prižrebovali spolu s trojlístkom Karol Kisel, Radoslav Zabavník a Tomáš Kóňa do F-skupiny, kde narazia na Ajax Amsterdam (Hol.), premožiteľa Artmedie - Espanyol Barcelona (Šp.), Austriu Viedeň a SV Zulte-Waregem (Belg.). Posledný český zástupca Mladá Boleslav, v ktorej hráva Miloš Brezinský, sa predstaví spolu s Panathinaikosom Atény (Gréc.), Parížom St. Germain (Fr.), Rapidom Bukurešť (Rum.), Hapoelom Tel Aviv (Izr.) v G-skupine. Škótsky veľkoklub Glasgow Rangers v kádri aj so slovenským reprezentantom Filipom Šebom bude hrať v A-skupine a Marek Penksa pôsobiaci v poľskom tíme Wisla Krakov sa predstaví v E-skupine.
Boje v skupinovej fáze Pohára UEFA sa začnú vo štvrtok 19. októbra a skončia sa v dňoch 13., resp. 14. decembra 2006. Finálový duel aktuálneho ročníka druhej najprestížnejšej európskej pohárovej klubovej súťaže je na programe v stredu 16. mája 2007 na štadióne Hampden Park v škótskom Glasgowe.
Žreb 2. kola Pohára UEFA - skupinová fáza:
A-skupina: AJ Auxerre (Fr.), Glasgow Rangers (Škót.), Partizan Belehrad (Srb.), Livorno Calcio (Tal.), Maccabi Haifa (Izr.)
B-skupina: Bayer Leverkusen (Nem.), FC Bruggy (Belg.), Besiktas Istanbul (Tur.), Dinamo Bukurešť (Rum.), Tottenham Hotspur (Angl.)
C-skupina: FC Sevilla (Šp.), AZ Alkmaar (Hol.), Slovan Liberec (ČR), Grasshoppers Zürich (Švajč.), Sporting Braga (Portug.)
D-skupina: AC Parma (Tal.), Racing Lens (Fr.), SC Heerenveen (Hol.), Osasuna Pamplona (Šp.), Odense BK (Dán.)
E-skupina: Feyenoord Rotterdam (Hol.), FC Bazilej (Švajč.), Wisla Krakov (Poľ.), Blackburn Rovers (Angl.), AS Nancy (Fr.)
F-skupina: Ajax Amsterdam (Hol.), Sparta Praha (ČR), Espanyol Barcelona (Šp.), Austria Viedeň (Rak.), SV Zulte-Waregem (Belg.)
G-skupina: Panathinaikos Atény (Gréc.), Paríž St. Germain (Fr.), Rapid Bukurešť (Rum.), Hapoel Tel Aviv (Izr.), Mladá Boleslav (ČR)
H-skupina: Newcastle United (Angl.), Celta Vigo (Šp.), US Palermo (Tal.), Fenerbahce Istanbul (Tur.), Eintracht Frankfurt (Nem.)
