1. Roland Števko (MFK Ružomberok) - 14 gólov
2. Marek Krejčí (Artmedia Petržalka) - 12 gólov
3. Marek Bažík (MŠK Žilina), Vladimír Kožuch (Spartak Trnava), Juraj Dovičovič (ZTS Dubnica), Róbert Semeník (Dukla Banská Bystrica) - 10 gólov
7. Marek Ujlaky (Spartak Trnava), Ladislav Onofrej (Slovan Bratislava) - 8 gólov
9. Jozef Jelšic (MFK Ružomberok), Ivan Bartoš (Dukla Banská Bystrica), Dušan Sninský (MŠK Žilina) - 7 gólov
12. Miroslav Nemec (Matador Púchov), Miroslav Kriss (Spartak Trnava), Adam Nemec, Peter Kiška (obaja ZTS Dubnica), Filip Šebo (Inter Bratislava) - 6 gólov
17. Juraj Halenár, Alias Lembakoali (obaja Inter Bratislava), Stanislav Velický (AS Trenčín), Radoslav Zabavník (MŠK Žilina) - 5 gólov
21. Marián Kurty, Rudolf Urban, Jiří Pospíšil (všetci MFK Ružomberok), Miroslav Sovič (Dukla Banská Bystrica), Branislav Fodrek (Slovan Bratislava), Martin Fabuš, Martin Ďurica (obaja MŠK Žilina), Mário Breška, Ivan Belák (obaja Matador Púchov), Anton Šoltis (Artmedia Petržalka) - 4 góly
31. Michal Kubala, Róbert Hanko (obaja AS Trenčín), Michal Gašparík (Spartak Trnava), Peter Čvirik (Matador Púchov), Balázs Borbély, Ladislav Suchánek, Ján Kozák ml. (všetci Artmedia Petržalka), Blažej Vaščák (Artmedia Petržalka 2/AS Trenčín 1), Ľubomír Vyskoč (Dukla Banská Bystrica), Michal Gottwald (MŠK Žilina) - 3 góly
41. Peter Majerník (Matador Púchov), Róbert Vittek, Stanislav Šesták, Patrik Volf, Milorad Bukvič, Erik Takáč (všetci Slovan Bratislava), Igor Chalupka, Augustín Paulík, Radoslav Kunzo (všetci Inter Bratislava), Vladimír Staš, Miroslav Barčík (obaja MŠK Žilina), František Kunzo, Martin Jakubko, Viktor Pečovský, Radovan Kulík (všetci Dukla Banská Bystrica), Miroslav Kozák, Milan Ivana, Marián Vavruš, Milan Mičenec, Ivan Lietava, Pavol Šuhaj (všetci AS Trenčín), Peter Tomko (MFK Ružomberok), Souleymane Fall, Andrej Filip (obaja Spartak Trnava) - 2 góly
65. Juraj Chlebo, Jozef Gáspár, Marián Tomčák ml., Marek Čech ml. (všetci Inter Bratislava), Pavol Kopačka, (AS Trenčín), Pavol Masaryk, Peter Ďuriš, Erik Ježík, Jaroslav Hrabal (všetci Spartak Trnava), Peter Jurčo, Martin Laurinc, Vladimír Helbich, Marián Had, Miroslav Latiak, Marek Sapara, Radoslav Školník (všetci MFK Ružomberok), Martin Mikulič, František Ševinský, František Hanc (všetci Artmedia Petržalka), Zdeno Štrba, Michal Drahno, Štefan Rusnák, Tomáš Šimček, Cyril Špendla (všetci MŠK Žilina), Peter Doležaj, Martin Švestka, Andrej Šupka, Anton Suchý, Marián Zimen, Martin Doktor, Matej Ižvolt (všetci ZTS Dubnica), Ľuboš Perniš, Almir Gegič, Milan Jambor, Peter Vavrík, Ján Beliančin, Marek Bakoš (všetci Matador Púchov), Martin Svintek, Vladimír Veselý, Jaroslav Kentoš, Tomáš Libič, Peter Penov (všetci Dukla Banská Bystrica), Eduard Hrnčár, Norbert Hrnčár, Benjamin Vomáčka, Branislav Obžera, Tomáš Sloboda, Ján Šlahor, Zsolt Hornyák (všetci Slovan Bratislava) - 1 gól
(dovedna 113 strelcov)
Vlastné góly: Pavol Vavrík (Púchov) - 1
