V zmysle reglementu súťaže boli po 3. kole vyžrebované zostávajúce kolá Slovnaft Cupu, hoci tento týždeň sa budú dohrávať ešte štyri zápasy. Podľa pravidiel od 4. kola už neplatí územné rozdelenie východ - západ a 4. kolo je posledným, v ktorom majú kluby najvyššej ligovej súťaže výhodu nasadenia.

4. kolo (šestnásťfinále), 5. kolo (osemfinále, 6. kolo (štvrťfinále) sa hrá na jeden zápas, pričom výhodu domáceho ihriska má klub s nižším vyžrebovaným číslom a z nižšej ligovej úrovne napriek žrebu (platí pre 4. kolo) resp. ak je rozdiel najmenej dvoch úrovní (platí pre 5. a 6. kolo). Semifinále sa hrá na dva zápasy a finále na 1. zápas. V prípade nerozhodného výsledku v riadnom hracom čase nasleduje priamo rozstrel zo značky pokutového kopu s výnimkou finále, kde nasleduje predĺženie 2 x 15 minút a až potom prípadný rozstrel.

Do 4. kola sa prebojovali 4 kluby z piatej, 3 kluby zo štvrtej a 2 kluby z tretej ligovej úrovne, taktiež deväť druholigistov a desťa tímov Fortuna ligy. Tie doplnia víťazi štyroch dohrávok, medzi ktorými sú dva kluby najvyššej súťaže, 1 klub z druhej a päť klubov z tretích líg.

Žreb rozhodol že minuloročné finále by sa prípadne mohlo zopakovať v tomto ročníku už vo štvrťfinále. 

Termíny zostávajúcich kôl súťaže:
4. kolo: 27.-28.9.2016
5. kolo: 18.-19.10.2016
6. kolo: 7.3.2016
semifinále: 4./11.4.2016
finále: 1.5. 2016