Dvadsaťdeväťročný tvorca hry sa po nezhodách s trénerom Mauriciom Pellegrinim a vedením klubu rozhodol vo februári prijať ponuku argentínskeho veľkoklubu Boca Juniors na hosťovanie v drese, v ktorom odohral v období 1996 - 2002 viac ako 150 zápasov. Rodák zo San Fernanda sa stal ústrednou postavou tímu, ktorý v roku 2007 triumfoval v najprestížnejšej juhoamerickej súťaži klubov - Pohári osloboditeľov. Napriek enormnej snahe sa predstaviteľom Bocy nepodarilo získať tohto hráča na trvalý prestup, takže Riquelme sa vracia späť do Villarrealu. "Možno budem obliekať dres Bocy Juniors po tom, ako platnosť môjho kontraktu s Villarrealom vyprší v roku 2009," povedal ofenzívny stredopoliar a dodal: "Chcem sa im poďakovať za to, že mali o moje služby záujem i do budúcnosti, ale som hráčom Villarrealu a musím sa tam vrátiť." Riquelme žiaril v drese "žltej ponorky" v sezóne 2005/2006, keď klubu pomohol k postupu do semifinále Ligy majstrov.