V roku 1945 zrazili prešovský futbal do kolien "červení" a SFS

kvalifikácie o postup do I. ligy vstúpili pod novým menom PTS Prešov. V nej skončil celok Prešova na 2. mieste, čo znamenalo, že účastníkmi najvyššej súťaže vo futbale v ČSR sa z východu stali mužstvá ŠK Jednota Košice a PTS Prešov. Tak tvrdil reglement SFS pri nominácii kvalifikantov pre najvyššiu súťaž.

Ako blesk z jasného neba prišlo rozhodnutie SFS (Slovenského futbalového sväzu) kedy Bratislava rozhodla - po kvalifikácii - že z východného Slovenska bude účastníkom I. ligy ŠK Jednota Košice. Rozhodnutie rozšírila aj tá skutočnosť, že zo západnej skupiny postúpia dve mužstvá (kvalifikáciu tam hrali 2 mužstvá, zatiaľ čo na východe 4) a to TŠS Trnava a ŠK Baťovany. Z tohto rozhodnutia nastal na Slovensku najväčší futbalový cirkus a galimatiáš"! Prešovčania právom protestovali, pretože mužstvo pod menom ŠK Baťovany pre korupčný škandál počnúc ročníkom 1942-42 v slovenskej lige nehralo a tak nemohlo byť do kvalifikácie zaradené, pretože túto súťaž hrali pod menom HG (Hlinkova garda) Šimonovany. Tu však SFS padla veľmi vhod skutočnosť, že I. slovenskú ligu nehralo ani mužstvo PTS Prešov a tak tento protest vyústil v kompromis - aby kapusta zostala celá a koza nažratá - v tom, že oba celky odohrajú medzi sebou dva kvalifikačné zápasy a v prípade potreby odohrajú tretí rozhodujúci zápas o účasť na neutrálnej pôde. Do celého procesu a lobovania v prospech Baťovian zasiahol veľký partizán - riaditeľ obuvníckeho giganta Trojan a pri neusporiadaných pomeroch v prešovskom futbale, ktorý sa vybíjal v bojoch o posty vo vedení a pomenovaní klubu, došlo k tomu, že pod novým menom bol futbal v Prešove zrazený na kolená. Že to nebola malá naťahovačka, svedčí aj to, že 10. účastník I. ligy skupiny A celok ŠK Baťovany vstúpil do súťaže až v 3. kole súťaže. Prešovský futbal sa dostal tak na "perifériu" futbalu na Slovensku a z tohto sa nevedel spamätať niekoľko rokov.

Boj o meno klubu a pozície vo vedení futbalového oddielu vzali všetky ambície tým ľudom, ktorí futbalu rozumeli a chceli pracovať na ďalšom vzostupe milovaného športu. Tento úpadok sa podobal roku 1941-42, kedy sa mužstvo v lige zachránilo len vďaka tomu, že sa zbavilo cudzincov a vsadilo na futbalistov z domácej výchovy. Do I. ligy sa Prešovu nepodarilo prebojovať ani v roku 1946, k čomu prispela aj okolnosť, že v prešovskom futbale podľa vzoru Košíc nastala znovu orientácia na "cudzineckú légiu" namiesto forsírovania vlastných odchovancov, ktorí boli nútení odísť. Prúd repatriantov z Maďarska a ZSSR (z Podkarpatskej Rusi) bol ďalším klincom do rakvy prešovského futbalu. Kvalifikačný neúspech pod firmou PTS Prešov veľmi zapôsobil na okruh fanúšikov prešovského futbalu. Hľadalo sa východisko z núdze a verilo sa v to, že iba zmena mena prispeje ku konsolidácii a zlepšenie situácie. Zo spánku bolo zobudený ale len názov ŠK Slávia Prešov. Žiaľ, ani zmena nič nepomohla. Práve mužstvo z Prešova pod týmto označením zažilo najväčší úpadok futbalu v meste, ktorého futbalistov - odchovancov na Slovensku fanúšikovia futbalu tak obdivovali. ŠK Slávia Prešov reprezentujúci "Šariš" vypadol zo slovenskej divízie a ocitol sa tak po povojnovom období v najnižšej majstrovskej súťaži v histórii prešovského futbalu. Prešov tak postupne stratil najlepších hráčov, a to Šimanského, Kuchára, Semešiho, J. Streinera, Jána Karela a ďalších. Menšia kvalita repatriantov nebola adekvátna požadovanej výkonnosti, ale prispela len k finančnému vyčerpaniu klubu. Neutešená situácia sa však postupne menila, k čomu prispelo aj rozšírenie slovenskej futbalovej divízie. Až rok 1949 znamenal obrat a to odchodom "cudzincov" a návratom prešovských odchovancov. Nastúpila nová generácia Ciulis, L. a R. Pavloviť, Kušnír, Semeši, Kuchár, L. Kassay, Kováč, Šitár, Kukura, Sabol, Lokaj a Ladislav Steiner. Aj keď pod staronovým menom sa podarilo pre rok 1950 vybojovať najvyššiu súťaž, v nej už začal účinkovanie pod novým názvom, a to ŠK Sparta Dukla Prešov. Prešovský sen hrať I. ligu sa splnil. Bola to záchrana pre východ Slovenska, pretože o pár rokov skolaboval ligový futbal v Košiciach a tak Prešovčania zachraňovali aj za pomoci košických hráčov česť východoslovenského futbalu.