Dvadsaťsedemročného Argentínčana pozitívne testovali 5. júna 2005 po finále Roland Garros na zakázanú látku etilefrín. Nezávislý tribunál v zložení Tim Kerr, Jose Pascual a Inggard Lereim si vypočul zainteresované strany na zasadnutí 6. a 7. decembra 2005 a po preštudovaní prípadu rozhodol o treste. Puerta okrem dlhoročného zákazu štartu musí vrátiť aj všetky prémie z druhého grandslamového turnaja roka vo výške 443 282 eur a jeho výsledky z Roland Garros boli anulované. Puertu prvýkrát pozitívne testovali už v roku 2003 a za užívanie clenbuterolu si odpykal deväťmesačný trest zákazu štartu. Podľa stanoviska ITF uvedenom na internetovej stránke organizácie preto dostal v súlade s kódexom Svetovej antidopingovej agentúry (WADA) osemročný dištanc. Navyše Puerta prišiel aj o všetky body v rebríčku ATP Entry získané od spomínaného turnaja na parížskych dvorcoch a takisto aj o všetky prémie (prize money) na turnajoch, ktoré absolvoval - 330 925 amerických dolárov.